增值税一般纳税人取得增值专用发票、公路内河货物运输发票或允许抵扣的机动车销售统一发票后，必须在规定的认证期限（180天）内进行网上认证或到税务机关进行认证。认证有两种方式：税务机关认证和网上认证。
5.3.1税务机关认证
1．申请：纳税人取得的防伪税控系统开具的专用发票（抵扣联），在申请抵扣前必须向税务机关申请认证。认证时应携带专用发票抵扣联原件，并领取、填写《增值税专用发票防伪税控系统认证申请．结果情况表》。
2．受理：经认证相符后，在《增值税专用发票防伪税控系统认证申请．结果情况表》．专用发票“抵扣联”上加盖 “认证专用章”的章戳，纳税人将认证相符的“抵扣联”及《情况表》第一联装订成册在纳税申报期内向申报征收岗位申报抵扣。税务机关受理认后会交给企业一张“认证结果清单”，作为认证成功的凭据。
5.3.2网上认证
网上认证系统适用于使用计算机、具备上网功能并有扫描识别设备的所有增值税一般纳税人。
加入网上认证的企业将增值税专用发票抵扣联扫描或键盘录入，将专用发票抵扣联的主要信息（包括开票日期、发票代码、发票号码、购销双方的税务登记号、金额、税额）和发票上的84位密文转化为电子信息，在严密的安全机制下，将电子信息通过网络传输给国税机关，经国税机关的防伪税控认证子系统进行84位解密还原，再与发票明文上的相应内容进行自动对比，产生认证结果，并将认证结果回传给纳税人。网上认证成功后，可打印一张“认证结果通知书”作为认证成功的凭据。
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